現在地までに三度移築されています。一度目は蓮如上人450回遠忌の1898（明治31）年、二度目は親鸞聖人650回大遠忌を控えた1911（明治44）年。三度目は1959（昭和34）年に交通量の増加に対応した堀川通りの拡張が計画され、京都市の要請で現在地に移転しました。虹梁（こうりょう）に大柄な二組の蟇股（かえるまた）を配しています。2011（平成23）年に修復されました。

親鸞聖人600回大遠忌を前に、1859（安政6）年に大阪の講社(こうしゃ)が担当し修理。1960（昭和35）年には、親鸞聖人700回大遠忌を前に修理されました。また、2006（平成18）年から2009（平成21）年にかけて、親鸞聖人750回大遠忌を前に、築地塀と併せて石工事・屋根工事・金物工事などが実施されました。屋根工事では瓦の葺き替えを実施し、再用する旧瓦は南面にまとめられています。

昭和期の阿弥陀堂修復事業を機縁とし、1983（昭和58）年、檜皮(ひわだ)の一部葺替、飾金具の修正、金箔押などの補修が行われ、創建当初の美しい姿が再現されました。また、2009（平成21）年に御影堂門・築地塀修理の際にあわせて修復工事が行われました。

経蔵に納められている『大蔵経（一切経）』は天海僧正の開版されたもので、寛永12（1635）年、江戸の寛永寺で発起し、12ヵ年をかけて完成しました。天海版または寛永版とも称されます。幕府の要請と本願寺第13代良如宗主の希望により慶安元（1648）年9月に銀27貫目で購入しました。

本願寺の東北角にある重層の楼閣で、内部に今も残る大きな太鼓は、江戸時代には周囲に時刻を告げる合図となっていました。 幕末、本願寺を一時的に屯所としていた新撰組による刀傷が、今も残っていると伝えられています。

破風板には錺金具を付けており、四周を開放し花崗岩の四半敷で中央に石製の井戸と水盤を据えています。軸部は方形礎盤に几帳面取角柱を立て、内法虹梁（うちのりこうりょう）で繋ぎ、柱頂部の舟肘木と内法虹梁上の蟇股（かえるまた）で受け、鏡天井を張っています。2010（平成22）年に修復されました。

切妻造、本瓦葺の高麗門です。江戸後期の建築と言われています。

切妻造、本瓦葺、真壁造の塀です。江戸後期の建築と言われています。

切妻造、本瓦葺の版築の塀で5本の定規筋が引かれています。江戸中期～後期の建築と言われています。

まるで根っこを天に広げたような形から「逆さ銀杏」とも呼ばれる樹齢約400年の大銀杏は、京都市の天然記念物に指定されています。本願寺に火災があった時、この銀杏から水が噴き出して消し止めたという伝説から、「水吹き銀杏」とも呼ばれています。